При определении рода и согласовании со сказуемым сложных существительных типа музей-квартира, платье-халат, ракета-носитель или терминов (счет-фактура, бланк-заказ и т. д. ) учитываются смысловые отношения между их частями: ведущим компонентом является то слово, которое выражает более широкое понятие, например: музей-квартира ( квартира - только тип музея), следовательно, род определяется по слову музей.
      Как правило, ведущее слово стоит на первом месте: счет (фактура - тип этого вида счетов). Значит, счет-фактура - мужского рода. В данном случае склоняются обе части слова: перевести счета-фактуры, отсутствие счетов-фактур и т. д. Если на первом месте стоит не ведущее слово (плащ-палатка), то оно, как правило, не склоняется, а сказуемое согласуется со второй частью слова: плащ-палатка свернута, укрыться плащ-палаткой.
      Подробнее см. : Розенталь Д.Э. Справочник по правописанию и стилистике.- СПб.: "Комплект", 1997.