Теория:

Обособление дополнений
Обороты со значением включения, исключения и замещения, которые называют предметы, включённые в ряд однородных членов или, наоборот, исключённые из него, или предметы, замещающие другие, включают предлоги и предложные сочетания кроме, наряду с, помимо, (не) исключая, за исключением, включая, сверх, вместо и др.

Обособление таких дополнений происходит, когда:
  • оборот находится в абсолютном начале предложения.

    За исключением таких-то и таких-то пунктов, требования бастующих администрацией отклоняются (В.  Шишков. Угрюм-река);

  • оборот стоит между подлежащим и сказуемым.

    На своём веку Андрей Прохоров, наряду со всеми своими односельцами, испытал все злоключения и напасти, какими полна жизнь крестьянина (П.  Засодимский. Пропал человек);

  • оборот расположен внутри словосочетания (между главным и зависимым словами).

    Со всеми на пароходе, не исключая и молчаливого буфетчика, Смурый говорил отрывисто (М. Горький. В людях).
Обособление уточняющих и пояснительных членов
Уточнения относятся к тому или иному члену предложения и сужают обозначаемое им понятие. 
Найти уточнение легко: они отвечают на вопрос точнее когда/как/где/сколько? и т. д.
Чаще всего уточнения приобретают обстоятельства места, времени, образа действия, степени, меры.
 
Уточнения выделяются запятыми.
 
Восьмого июля, в пятницу, Елизаров, по прозванию Костыль, и Лёша возвращались из села Казанского (А. Чехов. В овраге).
Темнело быстро, по-осеннему (К. Паустовский. Тёплый хлеб).
 
Пояснительные члены предложения равнозначны поясняемым (главным) словам, но называют их по-другому, в отличие от уточнений, которые по своему значению неравны главному слову (они сужают уточняемое понятие).
 
Эти члены предложения обычно имеют указание на их пояснительный характер, т. е. сопровождаются специальными союзами: то есть, именно, а именно, или в значении «то есть».
 
Пояснения также выделяются запятыми.
 
Видны и пёстрые камешки, и жёлтый речной песок, и водоросли, видно, как и рыба ходит руном, то есть стадом (Д. Мамин-Сибиряк. Приёмыш).
В этом отношении случилось даже одно очень важное для них обоих событие, именно встреча Кити с Вронским (Л. Толстой. Анна Каренина).
Источники:
http://old-rozental.ru, Д. Э. Розенталь. Справочник по русскому языку: орфография и пунктуация.
http://orthographia.ru, Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина.