Теория:

Сложноподчинённое предложение (СПП) — сложное предложение, состоящее из главной и зависимой от него частей. Зависимые от главного предложения называются придаточными, они отвечают на вопросы членов предложения.
 
Главная часть предложения обозначается квадратными скобками [ ], придаточное предложение — круглыми скобками ( ).
Пример:
[Княгиня Вера Николаевна Шеина, жена предводителя дворянства, не могла покинуть дачи], (потому что в их городском доме ещё не покончили с ремонтом) (А. Куприн. Гранатовый браслет).
 
(Если бы не было ненависти и злобы), [люди имели бы друг от друга громадную пользу] (А. Чехов. Скрипка Ротшильда).
Средством связи СПП является интонация и подчинительные союзы или союзные слова.
 
Союзное слово отличается от союза тем, что, помимо функции союза (соединения частей сложного предложения), оно выполняет функцию какого-либо члена предложения.
 
Сравним предложения.
1) Он был твёрдо уверен, что имеет полное право на отдых (И. Бунин. Господин из Сан-Франциско) — к слову что нельзя задать вопрос, это союз.

2) Я, прежде всего, должна узнать, что стряслось, какая беда великая в моём королевстве приключилась (Л. Чарская. Меч королевы) — к слову что задаётся вопрос (стряслось что?); слово выполняет также функцию дополнения; это союзное слово.
 
В сложноподчинённом предложении выполняется правило пунктуации:
между частями сложноподчинённого предложения ставится запятая.
Опасные случаи пунктуации в СПП

1. Части СПП могут располагаться в любом порядке.
 
  • Главное \(+\) придаточное предложение:
    спп1.PNG
    [Ася вдруг опустила голову], (так что кудри ей на глаза упали) (И. Тургенев. Ася).

     
  • Придаточное \(+\) главное предложение:
    спп2.PNG
    (А когда настала ночь), [он присел к столу, подпёр голову рукой и задумался] (Б. Пастернак. Письма из Тулы).

  • Придаточное предложение внутри главного:
    спп3.PNG
    [Люди, (к которым принадлежал он), имели обычай начинать наслаждение жизнью с поездки в Европу, в Индию, в Египет] (И. Бунин. Господин из Сан-Франциско). 
Обрати внимание!
Если придаточное предложение находится внутри главного, то оно выделяется запятыми с двух сторон.
2. Придаточное предложение может начинаться не с союза или союзного слова, а с другого члена предложения.
 
[На верху горы, на площадке фуникулёра, уже опять стояла толпа тех], (на обязанности которых лежало достойно принять господина из Сан-Франциско) (И. Бунин. Господин из Сан-Франциско).
[А потом показалось и солнце, горячее июльское солнце], (под лучами которого мокрая трава точно задымилась) (Д. Мамин-Сибиряк. Приёмыш).
Обрати внимание!
Запятая в таком случае ставится перед первым словом, входящим в придаточное предложение, а не перед союзным словом.
3. Логическая пауза после союзного слова не говорит о постановке запятой.
[Снова наступило молчание], (в продолжение которого <пауза> я слышал только учащённые вздохи разговаривающих) (М. Е. Салтыков-Щедрин. Святочный рассказ).
 
После союзного слова который запятая не ставится, если нет никаких осложняющих предложение конструкций.
Ср. Долго я смотрел на Машу, которая, лёжа на сундуке, утирала слёзы своей косынкой (Л. Толстой. Отрочество) — после союзного слова которая следует обособленное обстоятельство, выраженное деепричастным оборотом, поэтому ставится запятая.
С трёх сторон чернели гребни утёсов, отрасли Машука, на вершине которого <пауза> лежало зловещее облачко (М. Лермонтов. Герой нашего времени) — после союзного слова которого нет обособленного члена, поэтому, несмотря на наличие паузы, запятая не ставится.
Когда запятая между частями СПП не ставится?
1. Перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица.
 
Да-с, но ведь заметил он отпертую дверь не когда очнулся от раны, а ещё прежде того (Ф. Достоевский. Братья Карамазовы).
Она наняла помощницу не чтобы делать быстрее работу, а чтобы с кем-нибудь поговорить.
 
2. Перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз и, ни — ни, или, либо и т. д. (обычно повторяющийся).
 
Прислуга Колышкина не видела даже ни как он в дом вошёл, ни как вышел (П. Мельников-Печерский. В лесах).
Сына ждали и когда он не обещал приехать.
 
3. Придаточная часть состоит из одного союзного слова (относительного местоимения или наречия).
Только не знаю почему, я не мог выбить из головы мысль, что он недаром приезжал и затевает что-нибудь худое (М. Лермонтов. Герой нашего времени).
Уехали сегодня утром, в шесть часов, и не сказали куда (И. Тургенев. Ася).
 
Обрати внимание!
В сложносочинённых предложениях с несколькими придаточными запятая между придаточными не ставится в случае однородности частей:
спп4.PNG
[Как стали бы вы жить], (если бы я не приходил к вам каждый день) и (если бы в деревне вы не ждали каждый день моего письма)? (В. Брюсов. Через пятнадцать лет) — обе придаточные части относятся к одному главному предложению и отвечают на общий вопрос при каких условиях?
  
Не путай предложения с однородными придаточными и сложные с разными видами связи:
спп5.PNG
[Как стали бы вы жить], (если бы я не приходил к вам каждый день), и [что вы делали в таком случае]?
Источники:
http://old-rozental.ru, Д. Э. Розенталь. Справочник по русскому языку: орфография и пунктуация.