Теория:

1. В суффиксах –ек/–ик, –чик пишется буква е, если при изменении слова она выпадает, и буква и, если при изменении слова она сохраняется:
звоночек — звоночка, мячик — мячика.

2. В сочетаниях –енк/–инк пишется буква е, если слово образовано с помощью суффикса -к от основы на -н, и буква и, если слово образовано от основы на -ин:
басенка — басня, перинка — перина.
 
3. Суффикс –ец пишется у существительных м. р., суффикс –иц — у существительных ж. р.:
братец, сестрица.
У существительных ср. р. в этом суффиксе пишется буква е, если она стоит перед ударным гласным, и пишется и, если она стоит после ударного гласного:
пальтецо, креслице.

4. В сочетаниях –ичк/–ечк пишется буква и, если слово образовано от существительного ж. р. на –иц; в остальных случаях пишется буква е:
синичка — синица, ложечка — ложка.

5. В суффиксах –оньк/–еньк буква о пишется после твёрдых согласных, буква е — после мягких согласных, шипящих и гласных:
кисонька — киса, душенька — душа.
Исключения: паинька, заинька, баиньки.

6. Суффикс –ышк пишется у существительных ср. р., образованных от существительных с основой на твёрдый согласный, –юшк — от существительных с основой на мягкий согласный:
гнёздышко — гнездо, полюшко — поле.

Для существительных м. и ж. р. характерен суффикс –ушк(–юшк):
батюшка, матушка.
 
Следует запомнить написание слов:
катышек, клинышек, краешек, пупырышек, хлебушек,
а также вариантные написания:
воробушек и воробышек, камушек и камешек.

7. Суффикс –чик употребляется после основ на д, т, з, с, ж:
укладчик, счётчик, извозчик, переписчик, перебежчик.
 
Если основа существительного оканчивается на к, ч, ц, то перед суффиксом –чик к, ч, ц заменяются на т:
добытчик — добыча, кабатчик — кабак.
 
В остальных случаях употребляется суффикс –щик:
банщик, мойщик.